L'uomo è stato colpito nel febbraio del 2009 da un'ordinanza di custodia cautelare in carcere, emessa dal gip presso il Tribunale di Reggio Calabria, per il reato di associazione a delinquere di stampo mafioso, contestato nell'ambito dell'operazione "Virus", condotta dalla Squadra Mobile di Reggio Calabria. Il boss è stato catturato al termine di prolungati servizi di osservazione svolti in un'ampia zona rurale. Al momento dell'irruzione eseguita in un frantoio, Alvaro ha tentato la fuga lanciandosi da una finestra, ma poco dopo è stato raggiunto dal personale operante che lo ha bloccato ed ammanettato. 

Dopo le rocambolesche fasi della cattura, il boss è stato trasportato presso l'ospedale di Vibo Valentia per essere sottoposto ad intervento chirurgico, poichè, cercando la fuga dal frantoio, ha riportato la frattura scomposta della caviglia. 

Il provvedimento restrittivo nei confronti di Giuseppe Alvaro compendia i risultati acquisiti durante l'attività investigativa che aveva svolto la Squadra Mobile di Reggio Calabria per la cattura di Carmine Alvaro, classe '53, padre di Giuseppe, rimasto latitante dal 9 giugno 2003 al 18 luglio 2005, condannato dalla Corte di Appello di Reggio Calabria, con una sentenza del 2002, per associazione mafiosa, quale promotore, organizzatore e capo dell'omonima famiglia mafiosa.